Após os eventos da Invasão ao Aeroplano com o Capitão Ferlock, o aeroplano perde o controle e cai em uma ilha misteriosa. As pedras de Ymir que são utilizadas para fazer o aeroplano funcionar se partem em pequenos pedaços e voam por toda parte. Uma equipe de expedição vai para o local da queda para observarem. Seu trabalho é auxiliar essa equipe a explorar a ilha, e lidar com os monstros que lá habitam, que por conta das pedras de Ymir, ficaram mais fortes.